Η πειθαρχική επιτροπή αποτελείται από 7 άτομα 3 μέλη του συμβουλίου και άλλα 4 μέλη που εκλέγονται από την γενική συνέλευση του κόμματος.  Η θητεία της είναι 3ετής όσο και του κεντρικού συμβουλίου.
Αν οποιοδήποτε μέλος του Πράσινου Κόμματος με την δραστηριότητά του παραβεί τη νομοθεσία ή ενεργεί κατά τρόπο αντίθετο με τους σκοπούς και τα συμφέροντα του κόμματος ή προβεί σε ενέργειες που αποσκοπούν στην εξαπάτηση και καταδολίευση του κόμματος ή διαπράξει σοβαρό ποινικό αδίκημα, τότε η πειθαρχική επιτροπή επιβάλλει στο εγκαλούμενο μέλος ανάλογα με την βαρύτητα του παραπτώματος και μετά την απολογία του ανάλογη ποινή από απλή επίπληξη έως οριστική διαγραφή.